Jest emerytowanym profesorem prawa karnego na Wydziale Prawa i Administracji Uniwersytetu Jagiellońskiego, wieloletnim kierownikiem Katedry Prawa Karnego oraz profesorem Wyższej Szkoły Prawa i Administracji w Rzeszowie.
Autor około 180 publikacji naukowych, komentarzy, monografii oraz artykułów. Jest jednym z najwybitniejszych specjalistów w dziedzinie prawa karnego w Polsce. Do podstawowych zainteresowań prawniczych profesora należą: aksjologiczne i konstytucyjne podstawy prawa karnego, zasady odpowiedzialności karnej, problematyka winy oraz kary, prawa i wolności obywatelskie oraz prawa człowieka.
Wśród pełnionych przez niego funkcji wymienić należy następujące: Wiceprzewodniczący Państwowej Komisji Wyborczej w wyborach 4 czerwca 1989 r., sędzia (od 1989 r.) i prezes Trybunału Konstytucyjnego (1993-1997), przewodniczący Rady Legislacyjnej przy Premierze (1998 – 2000), Rzecznik Praw Obywatelskich (2000-2006) i Przewodniczący Państwowej Komisji Wyborczej (1990-1993). Przewodniczący Komisji Kodyfikacyjnej Prawa Karnego (od 2009 r.). Był wiceprzewodniczącym Komisji ds. Reformy Prawa Karnego, która opracowała projekt kodeksu karnego z 1997 roku. Członek czynny Polskiej Akademii Umiejętności oraz Polskiego PEN-Clubu, wchodzi w skład Akademii Nauki i Sztuki w Salzburgu.
Doktor honoris causa uniwersytetów w Moguncji(1996) i Wilnie (2004) oraz Akademii Medycznej we Wrocławiu (2005). Profesor honorowy Uniwersytetu Jagiellońskiego (2018). Wyróżniony nagrodą A.v. Humboldta za osiągnięcia w rozwoju prawa karnego i demokracji (2003) oraz nagrodą Totus za szerzenie kultury chrześcijańskiej w zakresie prawa. W roku 1997 został odznaczony Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski, Wielkim Krzyżem Zasługi z Gwiazdą Republiki Federalnej Niemiec, Orderem Zasługi z Gwiazdą na Wstędze Republiki Austrii oraz Orderem Wielkiego Księcia Gedymina Republiki Litewskiej. W 2002 r. otrzymał medal św. Brata Alberta przyznawany za niesienie pomocy niepełnosprawnym.
Wybrane publikacje książkowe:
Bezradność: interdyscyplinarne studium zjawiska w kontekście zmiany społecznej i edukacyjnej (współautor), 2005
Chrześcijanin w nowoczesnym państwie, 2006
Europejskie obywatelstwo a problem tożsamości europejskiej, 2003
Formy stadialne i postacie zjawiskowe popełnienia przestępstwa (współautor), 2007
Kodeks karny. Komentarz (współautor i redaktor naukowy), od 1998
Materialnoprawna problematyka warunkowego umorzenia postępowania karnego, 1973
Odpowiedzialność karna lekarza za niepowodzenie w leczeniu, 1988
Od dyktatury do demokracji i z powrotem. Autobiograficzna rozmowa o współczesnej Polsce (współautor: Marek Bartosik), 2018
Okoliczności wyłączające bezprawność czynu (zagadnienia ogólne), 1982
Polskie prawo karne (współautor), 1995
Polskie prawo karne. Część Ogólna (współautor), 2010
Rzecznik Praw Obywatelskich – zadania konstytucyjno-prawne oraz funkcje publiczne w zakresie wspierania społeczeństwa obywatelskiego w Polsce, 2005
System prawa karnego. T. IV cz. 1 (współautor)
Zasady odpowiedzialności karnej, 1998
Pełna lista publikacji na stronie https://www.law.uj.edu.pl/karne/index.php/prof-dr-hab-andrzej-zoll